Apesar de não possuir fauna cavernícola endémica, a Gruta do Carvão apresenta, à semelhança de outras cavidades vulcânicas, comunidades biológicas adaptadas às condições particulares destas estruturas, nomeadamente a ausência de luminosidade e a elevada humidade relativa do ar. Entre outras, fazem parte da fauna desta cavidade as espécies Chthonius ischnocheles, Eidmanella pallida, Lathys dentichelis, Pholcus phalangioides e Steatoda grossa. 1

Chthonius ischnocheles	Eidmanella pallida
Lathys dentichelis	Pholcus phalangioides
Steatoda grossa

Ao longo da cavidade também é possível observar raízes que atravessaram o tecto rochoso do tubo lávico e penetraram no seu interior. Estas raízes são muito importantes nos ecossistemas cavernícolas, uma vez que providenciam suporte físico e nutritivo a comunidades bióticas adaptadas a estes ambientes.

Raiz no interior da gruta